Ich war heute morgen in der 11:00 Vorstellung, und das ganze beschäftigt mich seit dem recht intensiv. Habe die Beiträge in diesem Thread und auch auf den verlinkten Seiten gelesen und komme zu folgenden Schlüssen:
1) Neo ist definitiv ein Mensch. Aus dem Dialog Neos mit dem Architekten geht das IMHO hervor. Er sagt: "You have many questions and although the process has altered your consciousness you remain irrevocably human, ergo some of my answers you will understand and some of them you will not." Neo wurden bewusst erweiterte Fähigkeiten in der Matrix gegeben, bzw es wurde in Kauf genommen, dass er welche entwickeln würde.
2)Ich stimme Dusa-2772 zu, dass Zion ein Teil der Matrix ist. Der Zion-Teil existiert total abgeschottet von der normalen Matrix. Die Gründe:
- Agent Smith schafft es sich nach Zion "rüberzuretten". Wäre Zion nicht selbst Teil der Matrix, dann würde das bedeuten, dass Programme die Menschen in der Realität total kontrollieren können, und die ganze komplexe virtuelle Realität der Matrix nicht notwendig wäre.
- Neo stoppt die Wächter mit der Hand. Eine alternative Erklärung ist, dass es tatsächlich ein EMP war, der die Wächter gestoppt hat, aber das erklärt nicht, warum er die Wächter gespürt hat. Ich denke, dass Neo erlaubt wurde Fähigkeiten im bekannten Teil der Matric zu entwickeln, bzw. man sie ihm gegeben hat; aber dass Neo auch im Zion-Teil der Matrix diese Fähigkeiten spürt, erkennt.
- Der Dialog zwischen dem Architekten und Neo bestätigt es ebenfalls: Der Architekt sagt selber, dass die Lehre aus den schlechten alten Versionen der Matrizen war, dass die Menschen eine Wahl haben mussten, wenn auch unterbewusst, erst dadurch wurde die Matrix so "erfolgreich", dass sie von 99% angenommen wurde. Würdet ihr als Architekt, nun den Leuten die Wahl lassen in die echte Realität zu gehen, oder würdet ihr sie nur, in eine echt wirkende Virtuelle Realität, also einen abgeschotteten anderen Teil der Matrix gehen lassen? Eben.

- Im "Zimmer" des Architekten sieht man auf den Monitoren, einen kurzen Augennblick eine Aufnahme mit Neo aus dem inneren der Neobu... äh... aus dem Schiff. Ganz offensichtlich hätte man die Bilder nicht gehabt, wäre es die wirkliche Realität gewesen. (Hier bin ich nicht mehr genau sicher, werde ich beim Zweiten schauen nochmal genau drauf achten).
- Der Dialog mit dem Architekten gibt auch her, dass man um die Matrix kompatibler zum Menschen zu machen, Elemente aus der Geschichte des Menschheit genommen hat, um dem irrationalen/komischen Natur des Menschen gerecht zu werden: Und was ist wohl das geschichtlichste aus den ganzen Filmen das wir erfahren? Eben, die ganzen Bibel-Metaphern, die Bezüge zur grieschichen Mythologie etc.etc. Knifflig ist dabei, dass diese Metaphern natürlich nur für die Interpretation der Zion-Realität/Matrix funktionieren. Analysiert man Matrix, den Film als Zuschauer, wie wir jetzt muss man sich davon lösen, und erkennen, dass sie nur innerhalb des Systems Gültigkeit haben. Ich bin mir sicher, dass der Film im dritten Teil völlig anders enden wird, was mit keiner der Geschichten/Mythologien kompatibel ist. Dazu später mehr.
- Alles innerhalb der Matrix hat seine "Bestimmung", dass die Entwicklung der Story letztlich zu dieser einen Entscheidung führt. Merkwürdigerweise scheinen aber nicht nur alle Dinge in der bekannten Matrix ihrer Bestimmung zu folgen, sondern auch alle Dinge in Zion (Entscheidung des Senats etc.), IMHO geht dies auch nur, weil Zion Teil der Matrix ist.
- Mit der Zion-Matrix wär auch erklärt wieso man durch abheben eines Telefons hin und her wechseln kann. Irgendwie hat man es zwar in der Eigenlogik des Films akzeptiert, aber mal ehrlich ein wenig "merkwürdig" scheint es doch schon, oder?

Der Dialog gibt auch IMHO noch einige Hinweise mehr, aber das kann ja jeder für sich herausfinden, der Link wurde ja schon genannt. 
3) Die Entscheidung des Auserwählten ist nicht dass was es zu sein scheint. Es geht nur sehr vordergründig darum zwischen dem Leben Trinitys und dem der Menschheit zu wählen. Der Architekt sagt ja, dass Neo der erste ist, der sein Verhältnis/Zuneigung zur Menschheit durch diese Vis-a-Vis Liebe spürt. Folglich denke ich, dass der Kern der Entscheidung ein anderer ist, nämlich zwischen
a) Kooperation mit der Matrix, um deren Absturz zu verhindern, und damit das Leben aller Menschen die damit verbunden sind zu retten. (the door to your right leads to the source and the salvation of Zion)
b) Abweisung der Matrix, und die Wahl, nach der Freiheit zu sterben, auch wenn es dazu führen sollte, dass man diese Freiheit erst im Tod (aller Menschen) findet.(the door to your left leads back to the matrix to her and to the end of your species)
Alle vorherigen Auserwählten wählten die Kooperation um den Fortbestand der Menschheit zu sichern, und damit zum letzten Punkt:
4)Die Szene mit dem Senator und Neo. Es wird deutlich, dass der Senator (entgegen seiner Behauptung) sehr wohl auf etwas hinaus will: Nämlich auf die gegenseitige Abhängigkeit Menschen und Maschinen. Er hat sie erkannt, und er hat sie akzeptiert. Das fürht mich zu der (spekulativen) Annahme, dass er einer der 23 "Starter" dieser Zion-Welt war, und daher von der Entscheidung des letzten Auserwählten (siehe Punkt 3) Bescheid weiss: Nämlich dass die Kooperation mit der Matrix letztlich die einzige Möglichkeit für das gegenseitige Überleben von Menschen und Maschienen ist. Deswegen ist er auch etwas skeptisch Neo ggü., er fragt sich ob dieser Auserwählte das ebenfalls erkennen und befolgen wird, oder ob er letztlich die Freiheit und damit womöglich den Tod aller wählen wird.
5) Falls es zutrifft, dass Zion ein Teil der Matrix ist, müssen wir uns auch fragen Gibt es weitere Agenten und Programme in der Zion-Teil der Matrix? Die Wächter wären ganz offensichtlich "Agenten". Womöglich ist (ein Teil) des Senats ebenfalls Programme. Vermutlich steht uns hier im 3 Teil noch die eine oder andere Überraschung ins Haus...
6) Die Motivation von Smith: Zuerst scheint es nur die Auslöschung von Neo zu sein, eine Art Rache an ihm. Aber wie sich an seinem Handeln durch Bain (oder Bane?) zeigt, ist er scheinbar auf mehr aus: Er will nicht nur Neo, sondern auch die anderen Menschen töten. Ist es weil es seine Bestimmung ( DUSA: das war die Übersetzung von purpose;)) ist, sprich weill er mit dieser Aufgabe erschaffen worden war? Ich denke es steckt mehr dahinter. Smith hat einen unheimlichen Hass auf die Menschheit entwickelt und er will sie alle los werden. Insofern, dürfte der Architekt/die Matrix nur vordergründig von seinem Handeln begeistert sein.
7) Die echte reale Welt. Wir nehmen also an, dass Zion Teil der Matrix ist, was sagt uns das über die echte realte Welt aus? Leider verlieren wir damit erstmal Informationen die wir darüber hatten, denn sie entstammen ja nur der Zion-Matrix. Die Erklärung mit den Energiebedürfnissen hat ja ohnehin Fragen offengelassen, z.B. warum sich die Maschinen sich ausgerechnet Menschen, die am höchsten entwickelten und kompliziertesten Lebewesen, als Energiequelle gezüchtet haben. Warum nicht Elefanten? Und wenn man doch Menschen auf Felder züchten/klonen (oder was auch immer kann), warum legte man den Schwerpunkt/Züchtungsschwerpunkt nicht auf retardierte/behinderte Menschen. Als Energiequelle genauso effektiv, aber wesentlich besser kontrollierbar ("In der Matrix geht es nur um Kontrolle"). Ich glaube das zu was diese Überlegung führt ist ganz wesentlich für:
Die möglichen Auflösungen des Plots. Gesunde Menschen zu erhalten sind scheinbar eine Bedingung. Mir scheint, die Zielsetzung der Matrix scheint zu sein, die Menschheit zu erhalten, und zwar um der Menscheit willen, nicht weil die Maschinen sie brauchen. Das führt auch zu der Frage: Wer die wirkliche Kontrolle hat, sind es die Maschinen wie man uns bisher glauben machen hat? Ich denke, die Matrix ist eher eine Erfindung der Menschen, bspw. um nach einem totalen atomaren Krieg (oder einer riesigen Naturkatastrophe oder für eine Reise über Lichtjahre im Weltraum) eine Art Winterschlaf halten zu können, mit dem Ziel minimalen Energieverbrauchs und Erhaltung der Kultur und Zivilisation. Daher ist es so eminent wichtig, dass die Menschen nicht aufwachen. Würde Neo wie auch immer das nun tatsächlich schaffen, würde er möglicherweise zu einem tragischen Helden werden, da die Erweckung zu diesem falschen/zufrühen Zeitpunkt, tatsächlich das Ende bedeuten könnte.
Alternativ wäre es auch denkbar, dass der Film mit einer endlosen Regression von Matrizen enden könnte, so dass frei nach dem Motto des Films sich nie sicher sein kann, ob man wirklich in der Wirklichkeit ist. Scheinbar hat der erste Teil des Films noch nicht gereicht um den Menschen diese Nachricht klar zu machen, denn sonst würden sich nicht soviele gegen diese Idee der Zion-Matrix wehren. 
So oder so, denke ich, dass wir kein Happy End sehen werden. Hoffe ich zumindest, denn das wäre einfach zu Hollwood-like. 
P.S.: Sorry, für den Roman, musste den Film aber irgendwie verarbeiten.
Ideen die hier stehen sind, wie gesagt, nicht auf meinem Mist allein gewachsen, sondern v.a. durch intensive Diskussion mit Mit-Kinogängern und dem Lesen der weiter oben (auch von euch) genannten Quellen und Beiträge.