Ja, das ist so gewollt. Die Autovervollständigung in der Nachrichten-App merkt sich auch Nummern, die man nicht explizit gespeichert hat. Ist bei E-Mails übrigens genauso. In diesem Fall sollte rechts neben der Autovervollständigung ein Info-Symbol (eingekreistes i) erscheinen, mit dem du den Kontakt aus dem Verlauf löschen kannst.
Super, danke.
Das spart mir jede Menge Ärger... 
Das Problem betrifft mich jetzt auch.
Am iPhone ist iOS 10.1.1 installiert.
Bei einem Kontakt habe ich die Nummer geändert und die alte gelöscht.
Unter Nachrichten erscheint weiterhin auch die alte Nummer.
Hinter der alten Nummer erscheint zwar ein blaues !, aber darüber lässt sich die Nummer nicht löschen.
Wenn ich draufklicke, erscheint die komplette Kontakt-Seite.
Wie kann ich die alte Nummer nun endgültig löschen?
Am Mac erscheinen auch beide Nummern in der Nachrichten-App.
Dort erscheint allerdings hinter der alten kein !.
Weihnachtsmann geht ja. Bei Weihnachtsfrau sehe ich Probleme. 
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