Bei mir war es die Systemfestplatte, die sich verabschiedet hatte.
Die hatte ich dann einfach ausgetauscht und ein Backup zurückgespielt. Danach war ich im PaperPort Demo-Modus. Andere Platten habe ich schon problemlos getauscht, so dass Du keine Schwierigkeiten erwarten dürftest.
Leider blickt man nicht durch, an welchen Komponenten PaperPort die Erforderlichkeit einer Neuaktivierung ausmacht. Als ich in Sachen Windows mal nachgeforscht hatte, war es folgendermaßen:
Windows registriert einige Systemkomponenten, woraus der Registrierungscode gebildet wird. Dazu gehören u.a. (sofern vorhanden) ID-Daten von HDD (Seriennr.), Partitions-ID, Netzwerkkarte (MAC), Seriennummern von Prozessor und Mainboard. Allerdings nimmt Windows immer nur eine Komponente der jeweiligen Art, die es als erste erkennt (bei HDD also die Systemplatte). So wird es wohl auch bei PP laufen.
Tauscht man drei der registrierten Komponenten aus (wobei man sie aus dem System entfernt), wird eine Neuaktivierung von Windows fällig. Bei PP reicht meiner Erfahrung zufolge bereits der Austausch einer dieser Komponenten (bei mir die Seriennr. der System-HDD).
Wenn bei Dir also die zweite Platte getauscht werden muss, sollte das ohne Neuaktivierung funzen. Bei mir war es bisher jedenfalls so.
Edit:
Ich hatte auch schon ins Auge gefasst, Windows 7 zum Testen in einer virtuellen Maschine zu installieren. Welches hast Du denn als "Muttersystem", in dem Windows 7 als virtuelle Version läuft?