Für gewöhnlich sind die nicht angezeigten Dateien (die zuweilen in Ordnern mit der Größe 0 kB schlummern, aber mehrere GB ausmachen können) solche, die vom System benötigt werden.
Ich gehe davon aus, dass sie mit der Größe 0 angezeigt werden, solange der User mangels ausreichender Rechte keinen Zugriff darauf hat. Persönlich habe ich nämlich die Feststellung gemacht, dass das Ordner-/Dateivolumen angezeigt wird, sobald man sich Zugang zum Ordner verschafft hat (was aber nicht immer empfehlenswert ist).
Klassischerweise finden sich solche Ordner im Benutzer- oder Windows-Verzeichnis. Es hilft im Übrigen auch nichts, in den Ordneroptionen die Anzeige versteckter Dateien und Ordner zu aktivieren - solange das eigene Benutzerkonto nicht über entsprechende Zugriffsrechte verfügt.
Edit:
Ein klassisches Beispiel ist der Client-Side-Cache unter "Windows/CSC" (Offlinedateien im Netzwerkbetrieb).