Programme kannst du ganz einfach wieder in deine Mediathek bekommen, indem du dein iPhone anschließt und dann in iTunes unter "Datei" -> "Einkäufe von ">Name deines iPhones<" übertragen" auswählst. Und schon sollten alle Apps vom Handy auf deinen Computer übertragen werden.
Die Musik solltest du einfach wieder in iTunes einfügen, dann wird sie wieder kopiert, vorher aber alles auf dem iPhone an Musik gelöscht. Genauso verhält es sich mit den Videos.
An Kontaktdaten geht iTunes erst mal gar nicht dran, da der entsprechende Harken gar nicht gesetzt sein sollte. Und zur Not kannst du ja vor dem Synchronisieren entweder die abfrage abbrechen oder aber indem du rechts auf dein iPhone in iTunes klickst eine Sicherung der aktuellen Einstellungen machen.
Bin von Windows Vista zu Windows 7 gewechselt und habe dabei eine Neuinstallation gemacht. Und mein iPhone läuft nach ein wenig Arbeit mit allen Daten und Einstallungen weiter, ohne das ich irgendetwas verloren hätte.