FLAC komprimiert verlustfrei, genau wie z.B. ZIP. Daher ist der Platzgewinn auch moderat. Aber du hast eine exakte Kopie des Quellmaterials, aus der du es ggf. auch bitgenau wiederherstellen kannst.
Du solltest auf jeden Fall darauf achten, dass die ganzen Metadaten in den Dateien eingebetten sind und nicht in einer separaten, applikationseigenen Datenbank stehen. Spaetestens wenn du dann mal mit einer anderen Applikation auf die Musik zugreifst, wirst du dich aergern.