Nach Manhattan sinds ca. 55$ laut nyc-guide (http://www.nyc-guide.de/anreise/jfk.html).
Je nachdem wo in Brooklyn dürfte es ähnlich sein schätze ich mal, wobei man ja keine Mautkosten hat.
Soweit ich mich erinnere ist am Qeueensboro Plaza direkt doch ein Comfort Inn und ein Holiday Inn...