Du beantwortest doch Deine Frage schon beinahe komplett selber.
Durch das anschließen an den PC wird das Gerät geladen und damit geht ein Ladezyklus verloren. Wenn Du dabei was mit dem Gerät machst z.B. telefonierst dürfte das keinen Einfluss haben. Der Akku wird zwar durchlaufen, aber der Ladezyklus geht ja erst verloren, wenn die Ladequelle abgezogen wird.
Die 1000 Ladezyklen sind aber eher ein sehr theoretischer Wert. Rechnen wir mal mit der Hälfte, dann würde der Akku knapp 1,5 Jahre halten, wenn man es täglich anschließt. Ich denke dass ist ganz ok - vor allem wirst Du ja auch in den Urlaub fahren und es häufiger am Wochenende nicht anschließen, daher dürfte der Akku auf knapp 2 Jahre Lebenszeit kommen. Wenn Du das Handy dann noch behälst, kannst Du ihm auch einen neunen Akku spendieren, oder?