Kommt drauf an, in welchem Format das eBook vorliegt?
iBooks ist sicher die einfachste Möglichkeit. Aber für Magazine in PDF Form würde ich GoodReader empfehlen.
Ansonsten ist auch Stanza nicht zu vergessen, was neuerdings auch mit iOS 5 kompatibel ist (soll aber das letzte Update gewesen sein). Da gibt es weitaus mehr Einstellmöglichkeiten als bei iBooks. Der wichtigste Unterschied: Ein Nachtlesemodus.