Eine Jahresfahrleistung von 38.400 km allein für Fahrten zwischen Wohnung und Arbeit kann man sehr wohl nachprüfen. Immerhin gibt es Werkstatt-/Inspektionsrechnungen, TÜV/AU-Rechnungen, entsprechende Barabhebungen für Benzin oder eben Kartenzahlungen an der Tanke, die km-Angabe bei der Kfz-Versicherung als Indiz ... usw.
Das Finanzamt kann alles einfach akzeptieren oder bei dir nachfragen und dann den Werbungskostenabzug kürzen und zusätzlich ein Verfahren wegen Steuerhinterziehung/Steuerverkürzung einleiten. Je nachdem, für was sich der Bearbeiter deiner Erklärung entscheidet und wie er deinen Fall prüft. Alles hängt wohl von seinen Fähigkeiten, der Tagesform und dem ihm vorgegebenen Arbeitspensum ab.
Das Programm scheint wohl nicht besonders effektiv zu sein. Bei euren Fahrtzeiten + Arbeitszeit würde ich meine wenige Freizeit nicht bei der Steuererklärung verschwenden und einen Steuerberater oder Lohnsteuerhilfeverein beauftragen.