Das mit der Sitzplatzreservierung stimmt so ansatzweise. Wenn Du so knappvorher buchst, dass der Zug schon relativ ausgebucht ist kann es wohl vorkommen, dass Du Plätze bekommst, die auseinander sind. I.d.R. ist die Routine aber schon so programmiert, dass sie bei gemeinsamer Buchung zusammenhängende Plätze vergibt. Und so lang es noch Sparpreis 50 Tickets für den Zug gibt, sollte das gar kein Problem sein. Wenn Du sicher gehen willst, kannst Du aber auch die Tickets online buchen und dann zum Schalter gehen und Dir allein die Reservierungen dort geben lassen - ist kein Problem.
Für das Hotel (falls Ihr doch über Nacht bleiben wollt - was ich dringend empfehle!) würde ich wie immer HRS.de empfehlen - Hotels sind in Berlin spottbillig (im Vergleich zu anderen Großstädten) und darüber kann man auch kurzfristig noch schön Rosinen picken.
@chung: Seitdem ich gesehen habe, dass es selbst Flugverbindungen von Köln/Bonn nach Frankfurt gibt, überrascht mich inder Hinsicht nix mehr...