Ich arbeite immer nur mit OpenSSL. Damit ist die Konvertierung ein Kinderspiel. Solange Du noch Klartext am Anfang BEGIN CERTIFICATE und am Ende END CERTIFICATE stehen hast, ist ein PEM (Base64) kodiertes Zertifikat.
Habe es aber gerade mal probiert, importiert und dann wieder exportiert: Voila, es war DER:
Internet Explorer 6 von Windows XP mit Service Pack 2 > Menü > Extras > Internetoptionen > Inhalten > Zertifikate > Vertrauenswürdige Stammzertifizierungsstellen > Exportieren > Weiter > DER… > Weiter > usw.
Selbst bei Drag & Drop ist DER die Voreinstellung. Ich kenne mich in Windows nicht so aus. Es wird sicher noch tausend andere Möglichkeiten geben, wie man das falsch machen kann. Das war ein Lösungs-Pfad, den ich auf die schnelle gefunden habe.
Du willst aber schon eine der vertrauenswürdigen Stammzertifizierungsstellen exportierten.